水产科学

作者：孟乾, 张志勇, 张志伟, 张曹进, 陈淑吟, 祝斐, 贾超峰, 曹广勇

单位：江苏省海洋水产研究所,江苏省海水鱼类遗传育种重点实验室,江苏 南通 226007

关键词：斑石鲷,条石鲷,线粒体DNA,密码子偏好性,聚类分析

基金：江苏省渔业科技类项目(Y2017-19); 江苏省农业科技自主创新资金项目(CX(17)2021);江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201744); 江苏省自然科学基金资助项目(BK20181202);江苏省科技项目(BM2018029).

为研究石鲷科中斑石鲷和条石鲷线粒体基因编码序列密码子的使用模式和特性,进而探讨这2种鱼与其他水生动物的亲缘关系,以期为探讨2种鱼类间的近缘杂交育种、种质资源等研究提供理论依据。在美国国立生物技术信息中心GenBank数据库中搜索并下载斑石鲷、条石鲷、斑马鱼、金鼓鱼、黑鲷和真鲷6种鱼线粒体基因序列,以CodonW、SPSS等软件采用生物信息学方法对斑石鲷和条石鲷线粒体DNA编码蛋白质的基因序列进行分析,通过相对密码子使用度以及对密码子的偏好性和基因序列进行相关性和聚类分析,进而探讨其亲缘关系。研究结果表明,斑石鲷和条石鲷线粒体DNA编码蛋白质的基因偏爱使用AC结尾的密码子,UUC、ACC等密码子为斑石鲷和条石鲷线粒体DNA编码蛋白质基因的偏好性密码子。在基因序列及偏好密码子聚类中,斑石鲷与条石鲷、黑鲷与真鲷均首先聚为一类,亲缘关系最近,这与传统分类学一致;斑石鲷和条石鲷与斑马鱼的遗传距离最远,亲缘关系最远。

来源：2020年第5期

《水产科学》期刊编辑部

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